Tại Vương quốc Anh, "Havana" lọt vào bảng xếp hạng UK Singles Chart ở vị trí thứ 53 vào ngày 11 tháng 8 năm 2017.[2] Sau đó, nó vươn lên vị trí thứ hai trong tuần thứ chín, đứng sau "Rockstar" của Post Malone và 21 Savage.[3] Vào ngày 3 tháng 11, bài hát đạt vị trí số một, mang lại cho Cabello và Young Thug đĩa đơn quán quân đầu tiên ở Vương quốc Anh.[4] Sau đó, bài hát giữ ngôi vị số một trong năm tuần liên tiếp, trước khi bị thay thế bởi "Perfect" của Ed Sheeran.[5]

Tại Hoa Kỳ, "Havana" đạt đến vị trí thứ 7 trên bảng xếp hạng Billboard Hot 100 trong tuần thứ 12, trở thành đĩa đơn thứ hai của Cabello dưới danh nghĩa nghệ sĩ hát đơn và đầu tiên của Young Thug lọt vào top 10.[6] Vào tháng 1 năm 2018, nó đạt vị trí số một trên Hot 100 trong một tuần sau khi trải qua bảy tuần không liên tiếp ở vị trí thứ hai, sau "Rockstar" của Post Malone và 21 Savage trong năm tuần và "Perfect" của Ed Sheeran và Beyoncé trong hai tuần, trở thành đĩa đơn đầu tiên của Cabello và Young Thug đứng đầu bảng xếp hạng. Nó đã trải qua 23 tuần để đạt đến vị trí cao nhất, ngang bằng thành tích về đĩa đơn mất nhiều thời gian nhất để vươn đến vị trí quán quân của một nữ nghệ sĩ với "Baby, Come to Me" (1982–1983) của Patti Austin và "Cheap Thrills" (2016) của Sia. Cabello cũng trở thành nghệ sĩ thứ ba trong lịch sử bảng xếp hạng đứng đầu Hot 100 lẫn Billboard 200 lần đầu tiên trong cùng một tuần, sau Britney Spears và Beyoncé lần lượt vào năm 1999 và 2003.[7] Bài hát sau đó rơi xuống vị trí thứ ba sau khi "God's Plan" của Drake ra mắt ở vị trí đầu bảng.[8] "Havana" còn trở thành bài hát thứ chín đồng loạt đứng đầu các bảng xếp hạng Mainstream Top 40, Rhythmic và Adult Top 40 trong suốt 22 năm lịch sử những bảng xếp hạng cùng tồn tại.

"Havana" đạt vị trí số một trên bảng xếp hạng ARIA Singles Chart tại Úc trong tuần thứ 12, trở thành đĩa đơn quán quân đầu tiên của Cabello tại đây, bao gồm cả khoảng thời gian cô còn hoạt động trong Fifth Harmony.[9] Bài hát nắm giữ ngôi vị đầu bảng trong ba tuần, trước khi bị thay thế bởi "Perfect".[10]

Tháng 9 năm 2018, "Havana" đã trở thành bài hát của một nữ nghệ sĩ hát đơn được phát trực tuyến nhiều nhất trên Spotify, với hơn một tỷ lượt phát đã được thực hiện vào thời điểm đó.[11]